环境科学与工程学院源于1958年建立的昆明工学院化学工程系，有深厚化工渊源和鲜明有色基因。1978年冶金部为响应有色行业污染治理国家需求，决定以昆明工学院无机物工学专业为基础，设置环境监测、环境治理专业。化学工程系更名为环境工程系。昆明工学院成为全国最早开设环境保护类专业的高校之一。1982年名称先后调整为环境保护专业、环境工程专业。环境工程系1990年更名为环境工程及化学工程系，1999年更名为环境科学与工程学院。2002年在国内率先开设再生资源科学与技术专业(后更名为资源环境科学专业)。2025年在国内率先开设碳中和科学与工程专业。学院现设环境工程系、环境科学系和再生资源科学与技术系，开设环境工程、碳中和科学与工程、资源环境科学三个本科专业。经过六十余年建设，环境科学与工程学院已发展为具有显著化工与冶金行业特色和优势，学科和专业均衡发展，人才培养和科学研究并重，对外交流活跃，社会服务贡献突出的研究教学型学院。