学院注重专业和学科协同，教学和科研互促，发挥集体力量和团队优势。1995年被评为"全国环境教育先进单位"。近年来，着力建设教学—科研一体化团队，成效显著。1个团队入选国家级教学团队；1个团队入选教育部首批"全国高校黄大年式教师团队"；建成省级研究生导师团队6个。
环境科学与工程学院获批主要教学团队
| 团队名称 | 团队类别 | 负责人 |
| 废物资源化及综合利用教学团队 | 国家级教学团队 | 宁平 |
| 环境科学与工程教师团队 | 全国高校黄大年式教师团队 | 宁平 |
| 工矿业环境污染防治 | 云南省博士研究生导师团队 | 田森林 |
| 水环境新型污染物防治 | 云南省博士研究生导师团队 | 潘学军 |
| 土壤环境与生态安全 | 云南省博士研究生导师团队 | 潘波 |
| 冶金及化工行业废物资源化 | 云南省博士研究生导师团队 | 李凯 |
| 固废高值资源化利用 | 云南省硕士研究生生导师团队 | 马丽萍 |
| 含碳废气净化及资源化利用 | 云南省硕士研究生生导师团队 | 张秋林 |